Endodoncja mikroskopowa to leczenie zębów w powiększeniu, przy użyciu mikroskopu stomatologicznego. Sprzęt ma za zadanie ułatwić działanie w trudnych przypadkach. Endodoncja mikroskopowa to zabieg niezbędny, gdy nie ma możliwości leczenia w ramach stomatologii zachowawczej. Często pozwala na uratowanie zęba przed usunięciem (ekstrakcją).

Konieczność użycia specjalistycznego sprzętu wymagają takie przypadłości, jak duże ubytki próchnicze oraz martwica zęba. Taki rodzaj leczenia niezbędny jest także gdy nastąpi złamanie zęba lub w ramach protetyki: przed wstawieniem korony czy mostu.